Na época, a obra foi muito mal recebida pela sociedade maranhense e Aluísio Azevedo, que já não era visto com bons olhos, tornou-se o "Satanás da cidade". Para se ter uma ideia da indignação causada pela obra, pode-se citar o fato de o redator do jornal A civilização ter aconselhado Aluísio a "pegar na enxada, em vez de ficar escrevendo". O clima na cidade ficou tão ruim para o autor que ele decidiu retornar ao Rio de Janeiro.
Conflitos: Há vários conflitos como veremos a seguir: Raimundo é órfão de pai e vive afastado da mãe, uma ex-escrava. Volta da Europa formado para viver com o seu tio e tutor, Manuel Pescada, e acaba se interessando por sua filha, Ana Rosa. A paixão é correspondida, mas tem obstáculos nas restrições impostas pela família da moça devido às origens negras do rapaz. Um dos mais empenhados em afastar os dois é o Cônego Diogo, responsável pela morte do pai de Raimundo, que o flagrara em pleno ato sexual com sua esposa, a branca Quitéria. Raimundo, desiludido após obter a confirmação de que não poderia ficar com Ana Rosa por ser filho de uma negra, decide ir para o Rio de Janeiro; Ana Rosa, porém, pede que ele fique. Os dois terminam fazendo amor e, a moça, engravidando. Os dois planejam a fuga, mas têm os planos frustrados por Diogo e Dias, um caixeiro de Manuel que queria a mão de Ana Rosa. Quando volta para sua casa, Raimundo é morto por um tiro de Dias. Ana Rosa, ao vê-lo morto, aborta. Anos depois, porém, ela aparece em uma recepção oficial, casada com Dias, preocupada com os três filhos que eles deixaram dormindo em casa. É possível identificar vários elementos realistas na história, como a crítica social, o anticlericalismo, a luta contra o preconceito racial, o aspecto sexual (presente na natureza carnal do amor de Ana Rosa pelo mulato) e o triunfo do mal.
Mensagem: pelo descrito acima os conflitos foram causados pelo preconceito de cor .Daí percebermos a crítica à hipocrisia da vida provinciana também decorrente do fato de que a sociedade conservadora de São Luís hostilizou duramente os pais de Aluísio, que não eram casados e viviam juntos. Em O Mulato, Aluísio parece vingar-se de São Luís.
Clímax: ... Raimundo, entristecido, decide partir o mais rápido possível para à Corte. Entretanto, o amor por Ana Rosa é maior. A jovem engravida, o casal decide, então, fugir.
O Cônego e Dias descobrem o plano dos amantes e aparecem na hora exata, acompanhados de um juiz. Arma-se um escândalo; Ana Rosa fala de sua gravidez, chocando a todos. O cônego rebate, dizendo que a afilhada continua pura; aquilo era apenas um recurso para forçar o casamento. Diogo aconselha Raimundo a ir embora de São Luís para não ser processado. Ao sair com Dias, o Cônego parece conspirar; entrega-lhe algo, mas o companheiro escrupuloso se nega a receber. Logo o astuto Cônego convence-o de que estaria vingando sua honra ultrajada e lembra-lhe: 'quem o seu inimigo poupa, nas mãos lhe morre'.
Desfecho: Após vagar pela noite, Raimundo resolve voltar para casa e, ao abrir a porta, é atingido pelo revólver de Dias. Mundico, num gemido, tomba contra a parede; vendo-o morto, Ana Rosa aborta. Seis anos depois, ela reaparece, em solenidade pública, bem casada com o Sr. Dias - o assassino de Raimundo. Está preocupada em cuidar dos três filhos e também do marido: 'Agasalha bem o pescoço Lulu! Ainda ontem tossiste tanto à noite, queridinho'.
